冬蟲夏草出土后怎么加工、儲藏，牧民挖出冬蟲夏草后，先剝去包裹在外面的泥沙殼（實為真菌菌絲體和泥土），置高原日光下曬至七、八成干，此為毛貨。再曬至全干（含水量10%左右）保存，然后用黃酒噴，使之變軟，整理平直。傳統的包裝方法是，每6～8條用小紅繩扎成一小把，再將小把捆成大把，每把重200～300克，稱為“把蟲草”。

因為冬蟲夏草是從草原土里挖出來的，難免會挖斷冬蟲夏草，為了好看和好賣，往往采挖者用細竹簽插在中間，把挖斷部分聯在一起。其實這不影響冬蟲夏草質量（只是重了一點）。有些人用細鉛絲（保險絲）代替竹簽，不僅加重了，而且鉛絲是有毒的。
儲藏的目的是為日后服用，主要是預防發霉與蟲蛀。發霉與蟲蛀的原因是天然冬蟲夏草采挖自土壤里，它的身上帶有大量活的真菌孢子（種子）和活的蟲卵。在冬蟲夏草產區，氣溫低而且干燥，挖出的冬蟲夏草，在太陽下曬干，散裝，有的經酒噴軟再整理包裝，冬蟲夏草含水量在10％左右。只要是在低溫干燥的環境中，一般不會發霉，也不易生蟲。

在非冬蟲夏草產區，尤其是春夏，氣溫高、濕度大，真菌孢子（種子）就發芽生長，活的蟲卵也會孵化，結果，要么冬蟲夏草表面長滿了白毛，發了霉，要么冬蟲夏草變成了粉狀（被孵化出的幼蟲吃光了，剩下的是幼蟲的糞便），所以，在這些地區儲藏冬蟲夏草，需要創造干燥、低溫、密封的環境。

古人的方法是放在密封的、用木炭、石灰吸水的桶里防潮，或用硫磺熏，或加丹皮或花椒防蟲蛀。
現在，冰箱已普及，最好的貯藏方法是密封后放在冰箱的冰隔里（低于零度）保存。這樣，即可防霉、防蟲，又可防氧化、變黑。
但如果家里有冬蟲夏草，筆者建議還是及時、足量吃了，比長期放在冰箱里保存好。